A História do Lugia

Nada se sabe sobre como ele surgiu. Mas atualmente ele é o Guadrião dos Mares, também chamado de Deus dos Mares. Lugia se isola do mundo para proteger os humanos de seus poderes. Antigamente o Lugia vivia numa das torres de Ecruteak tendo rivalidade com o Ho-Oh,
até que um raio atingiu esta, e aquele fugiu para as profundezas do oceano, próximo a Ilha Chamut, para provar sua força criou os três pássaros lendários.
Um Lugia guarda os três pássaros lendários, (Articuno, Zapdos e Moltres) que possuem uma ilha cada próximas a Ilha Chamut. Este Lugia está adormecido nas profundezas do oceano, mas é despertado quando Lawrence III tenta capturar os três pokémons causando a briga dos três e alterando o clima do mundo. Ao final, com a ajuda de Ash, da música de Lugia, e de todos os pokémons que sentiram o perigo e foram ajudar, os pássaros voltam às suas ilhas, Lugia volta às profundezas.
Outro Lugia foi visto, com seu filho, nas proximidades da Ilha Ogi. O filho ficava junto de Silver, o garoto que o achou, até que a Equipe Rocket tenta capturá-lo para trazer o pai e capturá-lo também. Ash e amigos impedem a Equipe Rocket. No final os dois Lugias vão embora.